1998-99赛季，大二学生蒂姆·邓肯和“海军上将”大卫·罗宾逊双塔带领马刺夺得队史首个总冠军。1999-00赛季，邓肯因半月板撕裂缺席了74场比赛，无缘季后赛。马刺虽然常规赛排名西部第四，但季后赛首轮不敌太阳，首轮惨遭淘汰。
OK组合带领的湖人队在2000年至2002年连续夺得三连冠，重新建立紫金王朝。期间马刺保留了双塔12 13赛季nba季后赛西部决赛马刺打了几场，选中了帕克和吉诺比利。2003年邓肯连续第二年荣膺MVP，摧毁了紫金王朝，西部半决赛4-2击败湖人，最终夺得总冠军。大卫罗宾逊赛季结束后退役，同年休赛期，湖人签下佩顿和马龙两位名人堂球员。2004年季后赛第二轮，湖人与马刺再次相遇，双方前四场打平，决战中费舍尔上演0.4秒压哨绝杀，湖人拿下赛点。 第六场，科比砍下26+7+7，奥尼尔砍下17+19+5盖帽，马刺2-4不敌湖人。
04-05赛季，马刺卷土重来，总决赛4-3战胜活塞夺冠，邓肯也获得职业生涯第三个FMVP。05-06赛季，马刺63胜19负位列西部第一。季后赛第二轮再次上演，首战邓肯砍下31分13篮板，马刺两分险胜。第二战，马刺22分落败。第三战，比赛还剩1分5秒邓肯犯规离场，马刺一分之差落败，邓肯砍下35分12篮板。第四战，双方战至加时赛。 帕克砍下33分，邓肯砍下31分13篮板6助攻3盖帽，吉诺比利砍下26分，但马刺还是输掉了比赛，小牛获得赛点。第五场还剩1分59秒时，吉诺比利从诺维茨基手中抢断球，造成他犯规，两罚一中后，马刺领先1分。此后两队均未得分，马刺以1分之差险胜。邓肯砍下36分12篮板3盖帽，第六场砍下26分10篮板3抢断，马刺追平比分。第七场，邓肯加时赛7投1中仅得2分，马刺输掉比赛。 全场比赛，诺维茨基砍下37分15篮板，邓肯则砍下41分15篮板6助攻3盖帽。
虽然本轮系列赛邓肯场均可以得到32.3分11.7篮板3.7助攻1抢断2.6盖帽，比诺维茨基的27.1分13.3篮板2.7助攻1.4抢断0.4盖帽要好，55.6%的投篮命中率也略高于诺维茨基的52.7%，但最终还是无功而返，以3-4输掉了比赛。
2007年12 13赛季nba季后赛西部决赛马刺打了几场，马刺再次达到巅峰，4-0横扫詹姆斯的骑士，夺得队史第四个总冠军。2008年2月，马刺的老对手湖人通过交易得到了加索尔。马刺主教练波波维奇愤怒地称这是“抢劫”，因为他太清楚，拥有巅峰的科比加上全明星内线球员，会是多大的威力。西部决赛再次在马刺和湖人之间展开。第一场，科比21投11中，贡献27分5篮板9助攻，让邓肯砍下30分18篮板4盖帽。第二场，科比17投10中，砍下22分5篮板5助攻，湖人30分大胜。 第三场吉诺比利砍下30分，邓肯和帕克均砍下20+，马刺净胜19分，让科比23投13中砍下30分5篮板3抢断。第四场科比罚球未进，29投14中砍下28分10篮板，湖人净胜两分，邓肯砍下29分17篮板3抢断3盖帽。第五场飞人30投16中砍下39分，带队4-1战胜马刺，时隔四年重返总决赛。五场比赛科比场均只有2.2次罚球，砍下双方最高的29.2分，命中率高达53.3%。 他几乎凭一己之力让卫冕冠军马刺队输掉了西部决赛。
2014年，马刺4-1战胜热火，夺得队史第五个总冠军。14-15赛季，邓肯入选三阵二防，伦纳德获得最佳防守球员入选一防，马刺55胜，但由于当时的规则，马刺只能排在狂野西部第六，季后赛首轮遇上“空接之城”快船。第一场，保罗砍下32+7+6，快船净胜15分。第二场，邓肯砍下28+11，伦纳德贡献23分，马刺扳回一城。第三场，伦纳德砍下32分，马刺净胜27分。第四场，保罗贡献34分7助攻12 13赛季nba季后赛西部决赛马刺打了几场，双方比分来到2-2平。 决战中邓肯砍下21+11，格里芬砍下30分14篮板7助攻4抢断。第六场格里芬砍下26分12篮板6助攻4盖帽，快船再次追平比分。第七场保罗在邓肯面前投进致胜一球，马刺两分之差落败，最终以3-4首轮出局，再次无缘卫冕。